1、增添土壤重金属和有毒元素 爆发污染的重金属主要有Zn、Cu、Co和Cr 。研究批注，无论是酸性土壤、微酸性土壤照旧石灰性土壤，恒久施用化肥还会造成土壤中重金属元素的富集 。如恒久施用硝酸铵、磷酸铵、复合肥，可使土壤中As的含量达50~60 mg/kg 。
2、加剧土壤酸化 恒久施用化肥加速土壤酸化 。一方面与氮肥在土壤中的硝化作用爆发硝酸盐的历程有关 。首先是铵转酿成亚硝酸盐，然后亚硝酸盐再转酿成硝酸盐，形成H+，导致土壤酸化 。另一方面，一些心理酸性肥料如磷酸钙、硫酸铵、氯化铵，在植物吸收肥料中的养疏散子后，土壤中H+增多，许多耕地土壤的酸化与心理性肥料恒久施用有关 。同时，恒久施用KCl，因作物选择吸收所造成的心理酸性的影响，能使缓冲性小的中性土壤逐渐变酸 。
3、导致土壤养分失调 从土壤养分平衡和一连使用等方面着眼，可以清晰地看到化肥的高浓度化既带来了经济效益的提高又带来了新的问题，即大宗高浓度肥料的使用，增添了作物产量，同时也加大了土壤中微量元素的耗竭 。
4、破损土壤结构 恒久大宗地使用氮肥特殊是大宗施用铵肥，铵离子进入土壤后在其硝化作用的历程中释放出氢离子，使土壤逐渐酸化 。铵离子能够置换出土壤胶体微粒上起联络作用的钙离子，造成土壤颗粒疏散，从而破损了土壤团粒结构，致使土壤严重板结，最终损失了农业耕作价值 。
